La casa original fue de finales del siglo XVIII, cuando se construyó el barrio La Pamba. Era pequeña, con frente a la calle de Piedragrande. En ella pasó su niñez Francisco José de Caldas, el quinto de los quince hijos del español José de Caldas.

El joven terminó estudios de jurisprudencia en Santa Fé de Bogotá y de regreso a Popayán en 1.791, a instancias de su padre con proyecto y dirección suya, la amplió con el frente actual, sobre la calle de La Pamba.

Humboldt la visitó en 1.801 y elogió los trabajos cientifícos que allí guardaba Francisco José de Caldas. A raiz del terremoto de 1.983 fue restaurada por la Gobernación del Cauca, actualmente funcionan algunas dependencias de la Universidad del Cauca.

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